在校团委、应用体育学系的大力支持下，由我校研究生会组织的2006年“首医杯”北京高校研究生足球邀请赛于2006年11月4日在我校南操场开赛。本次比赛邀请到了北京大学医学部、中科院微生物所、北京中医药大学（后改为北京大学生命科学学院）参加。开幕式由研究生会体育部部长冯健主持，校团委李连杰副书记做了热情洋溢的致辞，并表示将一如既往地支持校际间交流。团委商玮娜老师不辞辛苦，解决了许多问题，有力保障了比赛的顺利进行。比赛采取单循环赛，开幕赛在首医研究生队和北大医学部研究生队之间举行。比赛场面紧张刺激，但双方同学踢得都非常友好。全场比赛没有一次恶意犯规，没有一张红黄牌。最后，首医队以2：3不敌来访的北大医学部队。

    11月11日举行的第二场小组赛中，北大生命科学学院队以5：1击败中科院微生物所队。

    11月18日的决赛中，北大医学部3：1力克北大生命科学学院队，从李连杰副书记手中接过“首医杯”，高高举起以示庆祝。本次邀请赛圆满结束。

    通过本次活动大大加强了各校研究生的联系，各校研会表示今后不仅在文艺、体育活动上，还要在学术上加强各校之间的交流。