2014年12月26日，《首都医科大学学报》获教育部2013年度“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖。这是《首都医科大学学报》连续第5年获得该奖项。
　　“中国科技论文在线”是教育部科技发展中心主办的具有权威性的重要网上学术平台，该平台收录了数百种优质期刊，并对所收录的期刊定期按照期刊质量、期刊完整性、期刊编委的国际化程度等多方面综合指标进行评比。其评选方式兼顾了期刊学术质量、学术影响力、收录论文传播情况、期刊国际化情况等多个维度，是对期刊综合质量的全方位考评。本年度教育部科技发展中心对截至2013年12月31日已收录在“中国科技论文在线”《科技期刊》栏目的教育部主管的期刊，经过严格的评审，评选出“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖79项，二等奖142项。其中仅有9种医药卫生类科技期刊获得一等奖。
　　经过多年如一日的坚持提高学术水平和编校质量，《首都医科大学学报》的影响因子在逐年递增。学报编辑部工作人员会一如既往地努力，争取取得更大的成绩。