燕京医学院党委提出从“十二五”开始，学院的工作重心转移到学科建设和发展上来，提出“两个坚持，两个转变”的建设发展总思路，推进学科建设模式由粗放式建设模式向精细化建设模式的转变，顺利实现了学院工作重心的转移。
　　近几个月来，学院党委通过深化调研和专题研究，形成了在“十个节点”上同时推进学院学科建设发展的工作布局，把推进学科建设模式转变具体细化落实到下列十个工作“节点”上：1、全面推进“十二五”规划确定的工作重心的转移，牢固树立学科建设在学院发展中的核心位置的意识；2、紧密结合学院实际，不断探索学院学科建设发展整体思路、发展原则、建设宗旨和组织管理体系；3、加强学科建设的领导和组织力量，成立由学院党政主要领导挂帅的学科建设领导小组，健全学科管理、学科平台建设的组织，为学科发展模式转变提供组织保障；4、通过中心组学习、专题讨论等方式加强对学科管理者的培训，提高管理者的学科意识、促进学科管理水平的提高；5、对学科制度进行系统探索和建设，在教代会通过《燕京医学院学科建设发展管理实施规定》，并陆续调研和制定配套措施，形成完整的学科建设运行管理体系；6、加强学科队伍建设，加大对学科带头人、学科骨干的引进、选拔和培养力度，为学科建设提供人力资源保障；7、推进科研团队建设，在现有的4个科研团队的基础上，另行组建4个新的科研团队，整合学科力量，合理配置学科资源，通过团队共同推动学术探索；8、通过精心论证，建立精确科学的专项项目库，经过五年建设，初步建立起能满足学院开展常规科研活动的科研实验平台；9、通过院、校、局级和市级科研课题的申请和开展，带动重点学科大力开展科研；10、建立学科总结评估机制，认真细致科学地开展学科的年度总结评估，不断总结经验，提高学科管理水平。
　　经过“十二五”期间的发展，到“十二五”末，燕京医学院将初步实现学科建设模式由粗放式建设模式向精细化建设模式的转变，并在此基础上初步实现建设“高水平、多科性、教学型医学院”的办学目标，为“十三五”期间完全实现学院学科发展模式的完全转变和基本实现建设“高水平、多科性、教学型医学院”的既定目标奠定坚实的基础。