按照大会日程安排，11月21日下午1:30，大会七个代表团分别召开会议就大会各项报告进行讨论。会议由各代表团团长主持，大会正式代表、特邀代表、列席代表等参加。

    各代表团主要就教代会工作报告、工会工作报告、《首都医科大学发展战略规划体系（2010版·讨论稿）》、《首都医科大学章程（讨论稿）》进行讨论、审议。在分组讨论过程中，代表们紧紧围绕大会各项报告进行了踊跃发言，一致认为，报告实事求是、催人奋进；规划科学务实，振奋人心，是指导学校未来发展的纲领性文件；章程体现了学校治校治学的基本制度，是学校理念和行为的指导基础。代表们重点就学校发展战略规划体系提出了诸多建设性建议。代表们认为，战略规划体系的提出为学校指明了发展方向，明确了发展思路，描绘了发展前景，规定了发展框架。在新的形势下，学校要抓住机遇，坚持立足首都、面向全国、走向世界，让学校的发展融入首都发展之中；坚持学科发展为基础，人才队伍建设为核心，凝聚人心，把学校建设成为国内一流、国际知名的医科大学。

    各代表团同时还审议了工会财务工作报告、工会经费审查工作报告，讨论了大会选举办法（草案），讨论酝酿了教代会常设主席团、工会委员会、经费审查委员会委员各候选人预备人选名单，以及提案工作委员会、女教职工委员会、青年教职工委员会、生活福利工作委员会、社团工作委员会委员建议名单。最后，各代表团对大会决议（草案，包括对教代会工作报告的决议、对工会工作报告的决议、对工会财务工作报告的决议、对工会经费审查工作报告的决议等）进行了认真的讨论。